تفاوت‌هاى اصلى لینوکس و ویندوز:

لینوکس : سیستم‌عامل آزاد لینوکس یک سیستم عامل آزاد و بازمتن است.
کد منبع آن در اختیار همگان قرار دارد و همه مى‌توانند در کدهاى آن تغییر ایجاد کرده و بنا به نیازشان استفاده کنند. آزاد و در دسترس بودن کدهاى منبع سبب مى‌شود تا بتوانید از طرز کارکرد دقیق سیستم‌عامل مطلع شوید. شما لینوکس را مى‌توانید به هر تعداد کپى کرده و بین دوستانتان پخش کنید.

ویندوز یک سیستم‌عامل اختصاصى است که کد منبع آن سرى نگهداشته شده است و براى همگان در دسترس نیست. شما نمى‌توانید بفهمید که واقعا در زیر سیستم‌عامل ویندوزتان چه مى‌گذرد؟ آیا یک برنامه جاسوسى در آن پنهان نشده است؟ یانه.
سیستم عامل ویندوز رایگان نبوده و تحت حمایت قانون کپى‌رایت قرار دارد. شما نمى‌توانید آنرا کپى کرده و پخش کنید. در صورت این کار شما خلاف‌کار هستید و جریمه و مجازات خواهید شد. (فعلا نه در ایران ولى در ۴-۶سال آینده بله) لینوکس را به هواپیمایى تشبیه کرده‌اند که هر قسمت از انرا در جایى ساخته‌اند. لینوکس واقعا محصول کشور خاصى نیست. تعداد زیادى از مردم در سرتاسر جهان در حال کار بر روى آن و توسعه آن هستند.

تعداد برنامه نویسانى که روى بخش‌هاى مختلف سیستم‌عامل لینوکس کار مى‌کنند، به حدود ۴۰۰هزار نفر مى‌رسد، در حالى که تعداد کل برنامه‌نویسان مایکروسافت کمتر از ۱۰۰۰۰نفر است. همین، تفاوت کیفیت کار را مشخص مى‌کند.
شما با سیستم‌عامل لینوکس آزاد هستید. لازم ندارید تا از نرم‌افزارهاى اختصاصى استفاده کنید و تحت انقیاد آنها در آیید. لینوکس : سرعت، قدرت، پایدارى همانطور که گفتم، لینوکس نواده سیستم‌عامل یونیکس است. بنابراین ساختار کلى این سیستم‌عامل کاملا با ویندوز متفاوت است. این به این معنى است که مثلا شما نخواهید توانست برنامه‌هایى که در ویندوز دارید، روى لینوکس اجرا نمایید (البته راه‌هایى وجود دارد – شبیه سازها - ولى در حالت عادى خیر).

یکى از خواص اصلى سیستم‌عامل‌هاى خانواده یونیکس، پایدارى و استقامت بسیار بالاى آنهاست. این سیستم‌عامل‌ها به این راحتى‌ها خراب نشده و به ندرت نیاز به بوت مجدد پیدا مى‌کنند. لینوکس‌هایى وجود دارند که شما مى‌توانید سالها بدون نیاز به بوت، از آنها استفاده نمایید.
درویندوز حتى جدیدترین و پایدارترین سیستم‌هاى ویندوز به اندازه یک موى لینوکس پایدار نیستند. براى بکارگیرى سیستم‌هاى ویندوز به عنوان سرویس دهنده به حافظه و پردازنده‌هاى قویترى نیاز دارید و مطمئن باشید اگر هر هفته آنرا بوت نکنید، از کار خواهد افتاد! در صورتى که در ویندوز، شما اگر خیلى شانس داشته باشید، حتما هفته‌اى ۲-۳مشکل را که منجر به بوت خواهند شد، خواهید داشت.

معمولا سیستم‌عامل لینوکس به راحتى خراب نمى‌شود و برعکس ویندوز مجبور نیستید تا آنرا هر چندماه یکبار مجددا نصب کنید. حتى برخى از انواع لینوکس به نصب «یکبار براى تمامى عمر» مشهور هستند. این گونه سیستم‌ها را مى‌توانید حین کار و حتى بدون بوت، به نسخه‌هاى جدیدتر ارتقا دهید.

لینوکس : امنیت، امنیت، امنیت امروزه در دنیایى متکى بر فناورى اطلاعات زندگى مى‌کنیم که هر لحظه به خطر افتادن جریان اطلاعات منجر به بروز خسارت‌هاى تجارى جبران ناپذیرى خواهد شد. امروزه همه به دنبال یک سکوى (Platform) امن‌تر براى اجراى برنامه‌هاى کاربردى و سروى‌دهنده‌ها هستند.

لینوکس حرف‌هاى زیادى براى گفتن در سمت امنیت دارد. بسیارى از قابلیت‌هاى امنیتى که در ویندوز وجود ندارند و یا فقط با اضافه کردن نرم‌افزارهاى اضافى قابل دسترسى مى‌باشند، بطور درونى و پیش‌گزیده در لینوکس پیاده سازى شده‌اند.
لینوکس از ابتدا براى محیط‌هاى شبکه‌اى و چند کاربره طراحى شده است و همین باعث! رعایت مسائل امنیتى از ابتدا در ان شده است، درحالى که ویندوز اینگونه نبوده و درحال حاضر نیز از نظر امنیتى داراى نقاط ضعف فراوانى است. مثلا یک برنامه مخرب با استفاده از همین ضعف‌هاى امنیتى مى‌تواند کل سیستم‌عامل را نابود کند، ولى در صورتى که مورد مشابهى در لینوکس وجود داشته باشد، حداکثر به دایرکتورى خانگى کاربر اجرا کننده آسیب خواهد رسید، نه کل سیستم‌عامل. اینطور نیست که لینوکس فاقد هر گونه اشکال امنیتى باشد، خیر، ولى باز بودن کد منبع آن باعث مى‌شود تا بسیارى از اشکالات امنیتى پیش از ایجاد خسارت و در مراحل توسعه و برنامه نویسى برنامه بر ملا شده و رفع شوند. در صورتى که اشکالى نیز در برنامه‌هاى منتشر شده یافت شود، بدلیل موجود بودن کد منبع سریعا برطرف مى‌گردد.
در صورتى که در سیستم عامل ویندوز شما باید منتظر مایکروسافت بمانید. سیستم‌عامل ویندوز داراى اشکالات امنیتى بسیارى است که به راحتى هم کشف نمى‌شوند و هنگامى کشف مى‌شوند که خسارات جبران ناپذیرى در اثر حمله از طریق آن ضعف‌هاۡی امنیتى رخ دهد که امثال آنرا شاهد هستیم. مى‌توان ادعا کرد که تقریبا هیچ ویروسى براى لینوکس وجود ندارد و این درحالى است که سالیانه بیش از ۱۰۰۰ویروس و کرم مختلف براى سیستم‌عامل ویندوز ایجاد مى‌شود. این بخاطر عدم گسترده بودن لینوکس نیست (حدود ۷۰درصد از سایت‌هاى وب در جهان بر روى سیستم‌عامل لینوکس و سرویس‌دهنده وب آپاچى درحال اجرا هستند) بلکه بدلیل وجود حفره‌هاى امنیتى متعدد ویندوز و سیاست انحصار گرایى مایکروسافت است. یعنى چه؟ مایکروسافت طورى رفتار و سیاست گذارى کرده است که مشتریان خود را تنها به محصولات خودش عادت دهد.